LABORATORIUM PROCHOWE to pomieszczenia z ekspozycją broni. Zobaczyć tu można: broń palną – czarno prochową, broń i amunicję myśliwską a także destrukty XX-wiecznej broni palnej: karabiny Mosin i Mauser, pistolet maszynowy PPSz, bagnety i części wyposażenia wojskowego z epoki oraz dioramy. Dodatkowo w pierwszej salce są wyświetlane filmiki z inscenizacji oraz film Bogusława Wołoszańskiego o Twierdzy Boyen. Największa atrakcję stanowi replika armaty oblężniczej 12 Kanone z 1871 roku.
Laboratorium Prochowe zostało dofinansowane w ramach projektu pn. „Adaptacja obiektów w twierdzy Boyen w Giżycku wraz z zagospodarowaniem terenów oraz zakupem wyposażenia wpływającego na ich unowocześnienie” współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Warmia i Mazury na lata 2007-2013.